Eine Kirche geschützt von hohen Mauern, verschließbaren Toren, ein Wehrgang mit Schießscharten: das Bild einer sich nach außen abschottenden Kirche befremdet. Im späten Mittelalter jedoch war ein solcher Anblick keinewegs unüblich. Einer steinerne Mauer schützte fast immer den um die Kirche gelegenen Friedhof. Manchmal kamen eigene Torhäuser, Wehrtürme oder auch ein Wehrgang hinzu. Von all diesen Kirchburgen sind in der Region allenfalls noch Reste vorhanden. In Kößlarn allerdings steht die spätmittelalterliche Anlage in ihrem ganzen Umfang, wie sie der berühmte spätgotische Baumeister Michael Sallinger im 15. Jahrhundert erreicht hatte. Der bewaldetet Talkessel war zu diesen Zeiten fast unbesiedelt. Doch wie wurde die Pfarrkirche zur Wallfahrtskirche? Folgende Geschichte soll sich zugetragen haben: Etwas abseits vom Kößlarner Marktplatz verläuft der „Kesselbach“. Als der Graf von Ortenburg hier 1364 mit seinem Gefolge heranritt, sollen die Pferde gescheut haben: Sie wollten den Bach nicht überqueren. Der Graf machte kehrt und fand in einem, Wacholder („Kronwettbaum“) unweit der späteren Kirche ein Marienbild. Gleich neben dem Bach stand von alters her ein stattliche Vierseithof. Der kranke Kesselbauer war der Erste, der die wundersamen Kräfte des Gnadenbildes erfuhr, als er sich zu ihm tragen ließ und geheilt wurde. Sein Hof wurde zur Keimzelle des bald danach aufblühenden Wallfahrtsortes Kößlarn. Unzählige Pilger strömten an den Ort und immer größere Kirchen mussten gebaut werden. Bis zu fünf Geistliche wohnten in Kößlarn, um die zuströmenden Pilger mit Messen, und Beichten zu versorgen.
Das Geld für die Bauwerke und die prächtige Kirchenausstattung kam fast ausschließlich von den Wallfahrern selbst. Ihre Gaben waren so reichlich, dass man aus den vielen Silbervotiven im Jahr 1488 den Passauer Goldschmied Balthasar Waltenberger beauftragte, ein Kunstwerk zu schmieden. Die Geburtsstunde der bekannten Kößlarner Silbermadonna, ein Bildwerk, der den Wallfahrtort unter Kunstkennern in der ganzen Welt bekannt machte. Weitere Kunstschätze kamen im Laufe der Wallfahrtsgeschichte hinzu. Ein spätgotischer Palmesel, das älteste Messgewand der Diözese Passau sowie ein barockes Krippenspiel mit über 40 Figuren sind nur einige der Schätze die sich unteranderen auch im Kirchenmuseum befinden.
